La versión Gaussian 03 (rev C.02) para cálculos químico-cuánticos
de propiedades moleculares se mantiene instalada en el clúster, aunque se
recomienda a los usuarios que hagan uso de la versión más modernal del programa,
Gaussian09, igualmente accesible.
Los usuarios interesados en ejecutar trabajos con Gaussian deben
contactar previamente con el técnico del sistema para darles de alta en el grupo
de usuarios gaussian.
Localización: /opt/g03
El programa Gaussian no está instalado en CMI dado que no es un programa paralelo MPI, por lo que se recomienda a los usuarios de cálculos quimicocuánticos que consideren la utilización de programas mucho más eficientes sobre la red MPI Infiniband como es NWCHEM.
El clúster cmq tiene instaladas tres versiones de Gaussian03. La primera ha sido compilada con las opciones incluidas en la distribución oficial (compiladoresThe Portland Group y librerías matemáticas ATLAS). Está localizada en /opt/g03/pgi-6.0-atlas/. Se ha comprobado que esta versión es robusta en cálculos paralelos OpenMP. La segunda versión ha sido compilada con las librerías matemáticas ACML 4.0.1 y otras opciones de compilación. Está localizada en /opt/g03/pgi-6.0-acml4.0/. La combinación de Gaussian03 con las librerías ACML genera un ejecutable más eficiente. La tercera version ha sido compilada con los compiladores de Intel y las librerias matemáticas MKL (versión 10) y está localizada en /opt/g03/ifort-10.0-mkl-10.0. Ésta última se ha encontrado que es la versión más rápida, de modo que es la que se ejecuta por defecto.
El clúster cmd tiene instalada una versión compilada con los compiladores Intel y las librerías matemáticas MKL. Está localizada en /opt/g03.
Para ejecutar un trabajo de Gaussian03 en el sistema de colas es necesario enviar un
script del siguiente tipo:
#!/bin/bash # NOTA: El fichero de input, que es el argumento # de g03, debe escribirse indicando su extension g03 input_file.com
Para ejecutar en cmq la versión compilada con pgi y con las librerías matemáticas ACML 4.0.1 es necesario definir la variable $GAUSS_EXEDIR como se muestra en el siguiente ejemplo:
export GAUSS_EXEDIR=/opt/g03/pgi-6.0-acml4.0 g03 input_file.com
NOTA: No es necesario ajustar los valores de %nproc, %mem y %maxdisk en los ficheros de input, ya que se seleccionan por defecto según la cola de ejecución. En caso de especificarlos, los valores de estos parámetros deben estar de acuerdo con los valores límite de las colas de cálculo.